ҚазБСҚА-ның студенттік қалашығында ауданы 650 ш.м. медициналық орталық, ал академияның басты оқу корпусында ауданы 72 ш.м. медициналық бекет жұмыс істейді. Аталған мекемелер академия, колледж студенттері мен қызметкерлерге медициналық қызмет көрсетеді.

Заманауи медициналық құрал-жабдықтармен қамтылған орталықта стоматологиялық, процедуралық, терапевтік және басқа да кабинеттер жұмыс істейді.  ҚазБСҚА-ның медициналық орталығы Денсаулық сақтау министрлігінің, студенттік емхананың және Алматы қаласы, Бостандық ауданының СЭҚБ бағдарламаларын, оның ішінде диспансерлік есепте тұратын оқушыларды кешенді медициналық тексеруден тегін өткізеді. Денсаулығы сыр берген оқушыларға емдом шаралары тегін жасалып, материалдық көмек көрсетіледі.